شبهات پیش آمده در قرآن

سلام
طبق آیه ولایت"انما ولیکم الله و رسوله و الذین امنو....."
۱-چرا وقتی که انگشتر امام علی )ع( نمیتونیم جز موارد زکات حساب کنیم ولی درآیه با لفظ زکات اومده؟
۲-در آیه از لفظ یوتون استفاده شده که مغهوم استمرار رو میرسونه آیا امام موارد دیگری را هم داشته اند که در نماز زکات بدن؟
۳-چرا وقتی فقط منظور امام علی)ع( هست از لفظ جمع استفاده میشه ؟آیا برای احترام؟اگه اینطوره بازم توی قرآن داریم که اینطور جمع بسته باشه؟

با سلام
ضمن عرض خسته نباشید
پسری 19 ساله هستم و چیزهایی باعث شد که حدود 6 ماه قبل به تحقیق در دین بپردازم راستش به شبهات عجیب و غریبی در قرآن و احادیث رسیدم که هر تفسیری میخونم و از هرکسی میپرسم دقیق جواب نمیگیرم و فقط توجیه میکنند.
این شبهات اختلاف عجیبی با علم امروزی دارند البته منظور از علم در حد سواد پایین من است

اولین سوال در مورد آیه ای از قرآن است که چگونگی به وجود آمدن انسان را شرح میدهد و میگوید که انسان از آبی جهنده و بی مقدار به وجود میاید که این آب از پشت مهره های کمر است.
اولا انسان فقط از آب جهنده که منظور منی است به وجود نیامده و تخمک های زن هم نقش در تولید مثل دارد ثانیا این آب اصلا بی مقدار و پست نیست و هر دانش آموزی میداند که این آب سرشار از مواد مفید قندی و dna و این چیزها است که به نظرم مهم ترین مایع هستی است پس چرا این را بی مقدار خوانده اند ثالثا این آب از بین مهره های کمر تولید نمیشود و امروزه ثابت شده که در بیضه ها ساخته میشود؟

سوال دوم در مورد حدیثی از پیامبر است که فرمودند:جنسیت انسان در 40 روزگی مشخص میشود ولی علم امروز نشان میدهد که حنسیت در هنگام تشکیل زیگوت مشخص است

هزار سوال اینگونه هست که وقت نمیشه همه رو بگم فکر میکنم
اگه جواب این سوال ها رو بگیرم بقیه مسال حل میشه

با تشکر